Tháng 4 năm 1735, vua anh Lê Thuần Tông mất. Trịnh Giang lập em Duy Phường là Lê Duy Thận làm vua, tức là Lê Ý Tông.

Tháng 9 năm 1735, Trịnh Giang sai người thắt cổ giết Lê Duy Phường. Năm đó ông 27 tuổi.

Đến năm Vĩnh Hựu thứ 6 (1740) thời vua Lê Ý Tông, Trịnh Giang bị truất, Trịnh Doanh lên làm chúa, mới cho làm lễ chiêu hồn vua Vĩnh Khánh, táng ở xã Kim Lũ (tục gọi làng Lũ, nay thuộc phường Đại Kim, quận Hoàng Mai, Hà Nội).[2]

Năm Chiêu Thống thứ nhất,vua Lê Chiêu Thống xuống chiếu giải oan cho ông và truy thụy ông là Thời Hoàng Đế (萬恩皇帝), miếu hiệu Duệ Tông (睿宗)